Les collections sont aujourd'hui riches et diversifiées.

Aux instruments de chirurgie réunis par le doyen Lafaye au XVIII^ème siècle, s'ajoute un bel ensemble qui couvre les différentes branches de l'art opératoire jusqu'à la fin du XIX^ème siècle. Sont représentées la chirurgie d'urgence, la gynécologie, l'art des tailleurs et lithotriteurs, les oto-rhinos et ophtalmologistes retrouvent les instruments de leurs prédécesseurs ainsi que les dentistes et pharmaciens. Les trousses de médecine et de chirurgie comptent parmi les collections du musée ainsi que quelque deux cents instruments de physiologie. Le musée est l'héritier des collections de peintures de l'ancienne Faculté de Médecine. Les gravures et les lithographies sont au nombre de mille, 1600 autographes et photographies ; 800 ex-libris de médecins et de chirurgiens complètent la collection. Comme toutes les grandes administrations de l'Etat sois l'ancien régime, la Faculté de Médecine avait ses jetons qui remplaçaient en 1636, les méraux (monnaie courante des hommes d'église), versés comme honoraires lors des cérémonies, examens ou encore en compensation de consultations gratuites faites au pauvres. Cette collection comportent 271 jetons depuis celui du décanat de Philippe Hardouin de Saint-Jacques en 1636 jusqu'à celui d'Edmond-Claude Bourru de 1786 à 1793.

Plus de 2000 médailles gardent le souvenir de médecins et chirurgiens, plus ou moins célèbres ; elles évoquent aussi les grandes découvertes. Elles rappellent les dates d'épidémies dramatiques ou de vies humaines sauvées.

Trousse du Docteur Gachet Trousse homéopathique Derode, gravée au nom du Docteur Gachet, médecin de Van Gogh. Au XIXe siècle, on assiste à un engouement pour l'homépathie.	Instruments pour la lithotricie opération qui consiste à briser les cailloux dans la vessie
Scie d'amputation du XVIIe siècle	Lithotome "caché" du frère Come (vers 1745) Instrument servant pour l'opération de la taille. La lame, sortie de la gaine, incisait le col et la prostate en sortant de la vessie à l'inverse de tous les autres cystotomes employés auparavant.
Ecole de Médecine de Paris Un examen dans la salle des Instruments	Le mannequin de Felice Fontana En 1796, lors de la campagne d'Italie, le général Bonaparte commande à Felice Fontana, directeur du Cabinet d'Histoire naturelle du Grand Duc Léopold II, le mannequin anatomique en bois de peuplier pour son École de Santé.  Cet objet de plus de 2000 pièces entièrement démontable a été emmené à Vienne, lors du départ des Autrichiens d'Italie, et ce n'est qu'en 1806, d'après les archives de la Faculté impériale, que le ministre de l'Intérieur donne le mannequin aux cabinets de collections
Coffret de pharmacie portative Coffret de pharmacie familiale du XVIIe siècle, il conserve encore ses flacons d'origine.	L'Écritoire du Collège de Chirurgie sous Louis XV Marqueterie Boulle XVIIIe siècle en noyer et écaille de tortue Les noms des chirurgiens  de Louis XV sont gravés tout autour de cette superbe pièce. Parmi ceux-ci, l'action de Georges Mareschal et François Gigot de Lapeyronnie sera déterminante et le collège de chirurgie professera dorénavant un enseignement théorique et pratique.
La trousse d'Antommarchi Le médecin Antommarchi a cédé lui-même à la Faculté de Médecine la trousse contenant les instruments  qui lui avaient servi à pratiquer l'autopsie du corps de l'Empereur Napoléon Ier à Sainte-Hélène	Xavier Bichat mourant, par Hersent Né en 1771 dans une famille médicale, il se destine à la médecine mais les évènements révolutionnaires l'empêchent de suivre les cours de la faculté de Montpellier. Il suit alors les cours théorique et pratique de Marc-Antoine Petit à l'hôpital de Lyon. A l'arrivée des troupes de Kellerman, il doit fuir à Poncin. Mobilisé quelques temps, il rejoindra sa famille à Paris. En 1794, il assiste Desault à l'Hôtel-Dieu. Bichat meurt à 31 ans, d'une méningite tuberculeuse. Il laisse une oeuvre considérable et crée la médecine anatomo-clinique. Son oeuvre principale, "Le traité des membranes", publié en 1799, développe la notion de tissu. Il est à l'origine d'une nouvelle nosologie basée sur la fonction des organes.
Dessin de Vicq d'Azyr (1748-1794) Né dans une famille de médecins de la Manche, son père le destinait à la prêtrise. Mais il vint faire ses études à Paris et il est très vite remarqué par les Docteurs Régents. En 1775, on lui confia la chaire d'anatomie. Il est nommé Docteur Régent de la Faculté de Paris. Médecin de la reine, il est effrayé par la Révolution. On le trouva mort au Louvre après plusieurs jours pendant lesquels les contemporains nous disent qu'il "délirait de peur".	Portrait de Félix Tableau du temps.
Portrait de Pourfour du Petit (1661-1741) peint par Jean Restout en 1737 Médecin des armées sous Louis XV. Dans son ouvrage "Lettres d'un médecin des Hôpitaux du Roy à un autre médecin de ses amis", publié en 1710, Pourfour observe les modifications oculaires obtenues par les lésions du sympathique cervical, telles que les découvrira un siècle et demi plus tard Claude Bernard.	Étuve à désinfection Maquette d'étuve à désinfection au formol, conçue par Herscher
Instruments d'ophtalmologie du XVIIIe siècle	Le bistouri de Charles-François Félix Le siècle du Roi Soleil voit la renaissance de la Chirurgie. En 1686, Louis XIV est opéré d'une fistule à l'anus par le chirurgien Félix. L'opération est une totale réussite, trois semaines après l'intervention, le roi peut remonter à cheval, et sans douleur ! Alors que pendant des mois ses médecins lui avaient fait endurer toutes sortes de cataplasmes, lavements et baumes sans succès. Le roi, tout au long de sa vie, a été affligé de nombreux maux que ses médecins, Valot, Daquin et Fagon tenteront avec plus ou moins de succès de soigner... Louis XIV manifeste sa reconnaissance envers son chirurgien en lui versant des honoraires très élevés qui lui permettent d'acheter la seigneurie de Tassy, anoblie par le roi. Félix y vivra ses dernières années sans exercer car, traumatisé, il ne pouvait plus tenir le scalpel sans trembler. C'est sur toute la corporation des chirurgiens que retombent les bienfaits royaux. Le 18 décembre 1731 a lieu la séance inaugurale de l'Académie Royale de Chirurgie.
Médaille de l'École pratique Le Ministre de l'Intérieur décida le 21 Fructidor an V que "le bronze offrirait réunies les images d'un médecin et d'un chirurgien français". Que cette médaille destinée à attester à la postérité l'heureuse époque du rapprochement et de la réconciliation désormais inaltérable de deux sœurs qu'on n'aurait jamais dû voir désunies, serait donnée à ceux des élèves de l'École pratique qui, à la suite d'un examen solennel, seraient jugés dignes d'être offerts à la Patrie, comme des hommes en état de la bien servir, et à leurs collègues comme des émules à atteindre et des modèles à suivre.
Instruments égyptiens Donnés à la Faculté par Clot Bey à son retour d'Égypte. Antoine Clot (1793-1868) était un chirurgien grenoblois appelé en Égypte pour organiser le service de santé sanitaire. Il a aussi créé un hôpital et en 1827 la première École de médecine. Il a reçu le titre honorifique de Bey par le vice-roi	Portrait de Tagliacozzi. Huile sur bois, anonyme du XVIe siècle. Acquis en 1852 par la Faculté, il représente le célèbre chirurgien de Bologne, inventeur d'une méthode de rhinoplastie. Ce chirurgien choisit de prendre de la peau sur le bras et non plus sur le front, pour faire son opération. Cette technique nécessitait une longue immobilisation afin que la greffe puisse prendre, mais les résultats étaient très satisfaisants. Cette intervention était devenue nécessaire par le nombre croissant de syphilis nasales mutilantes et de traumatismes de la face.
Palette à saigner et lancettes du XVIIe siècle	Cachet de Gentianus Ce cachet de stéatite est d'époque gallo-romaine. Sur chacune des faces de cette pièce, une inscription est gravée en abrégé pour donner le nom d'un collyre, son usage et le nom du médecin, "Gentianus". Sorte d'ordonnance, le cachet était appliqué sur le collyre solide. Pour faire usage de ce dernier, il fallait le délayer, soit à l'eau, soit au lait.
Endoscope de Désormaux Depuis l'Antiquité, le médecin, à l'aide du speculum, étudie l'intérieur du corps. Mais les grands progrès se situent au début du XIXe siècle avec l'invention du "Lichleiter" repris par Jean-Antonin Désormaux, inventeur du terme "Endoscope" et qui a bénéficié des améliorations faites par ses prédécesseurs en ce qui concerne l'inclinaison du miroir et l'apport de la lumière. C'est lui qui donne son essor à l'endoscopie opératoire